В декабре 1996 года в 12 районах Алтайского края, граничащих с Республикой Казахстан, были созданы отделы Пограничной стражи, перед которыми на первоначальном этапе стояли задачи осуществления контроля за российско-казахстанским участком границы, выявление, предупреждение и пресечение каналов незаконной миграции, контрабандной и иной противоправной деятельности.
В сентябре 1997 года в Барнауле началось комплектование Отдела, а с мая 1998 года Отдел приступил к охране государственной границы с Республикой Казахстан.
В это время созданы 11 районных отделений пограничной службы. Постепенно пограничники освоили свои участки ответственности. Проводились занятия, тренировки, на которых вновь принятые на военную службу офицеры и прапорщики получали знания, навыки и умения, необходимые им для повседневной служебной деятельности. Довольно скоро начались и первые задержания нарушителей и контрабанды.
По результатам служебно-боевой деятельности за 1999 год Отдел занял 2-е место в Юго-Восточном Региональном пограничном управлении. Задержано контрабандных товаров на сумму более 3,5 миллионов рублей.
С 1 марта в соответствии с приказом ФПС РФ от 25 января 2000 года на базе отдела Пограничной стражи начал формироваться Барнаульский пограничный отряд, который принял под свою охрану более 800 километров участка границы и перешел к войсковому способу ее охраны. Для выполнения поставленной задачи началось формирование и развертывание пограничных комендатур и пограничных застав.
За первые годы существования Барнаульский отряд занимал первые места среди отрядов Юго-Восточного Регионального пограничного управления. Сотрудниками Отряда было задержано контрабандных товаров и грузов на сумму более 66 млн. рублей, что составляло более половины от общего числа задержаний среди отрядов ЮРПУ.
В 2004 году в соответствии с приказом Директора ФСБ России Барнаульский пограничный отряд преобразован в Пограничное управление ФСБ России по Алтайскому краю.
За 24 года пограничным управлением пройден сложный путь в своем развитии, многое изменилось и усовершенствовалось. Сегодня граница имеет новый, цивилизованный облик, стала более открытой для дружеского общения и сотрудничества, но непроницаемой для противоправных действий. За прошедшие годы сотрудниками пограничного управления многократно пресекались контрабандные поставки товаров народного потребления на сотни миллионов рублей. Из незаконного оборота изъяты сотни килограммов наркотических средств и психотропных веществ, пресечены десятки каналов незаконной миграции, а также выявлено и задержано несколько тысяч нарушителей законодательства в сфере защиты и охраны государственной границы. В настоящее время продолжается обустройство подразделений границы современными техническими средствами, позволяющими эффективно контролировать охраняемый участок и своевременно выявлять и пресекать любую противоправную деятельность на государственной границе.
Пограничники Алтайского края с честью и достоинством продолжают сохранять и приумножать славные пограничные традиции, сформированные офицерами, прапорщиками, сержантами и солдатами, стоявшими у истоков создания Барнаульского Пограничного отряда.